肛门脓肿手术后遗症有以下几个:第一、如果行单纯的脓肿切排术,术后有80%以上的可能会形成肛瘘,需要行二次肛瘘手术。如果行肛周脓肿一次性根治,也有10%的可能会形成肛瘘,需要二次手术。第二、肛门失禁,有些高位的肛周脓肿,如果行一次性根治术,由于肛门周围括约肌的损伤比较多,有可能会出现不同程度的肛门失禁。所以对于高位的肛周脓肿,如果要行一次性手术,最好行挂线术。第三、直肠黏膜脱垂,肛周脓肿行一次性根治术,会造成肛管直肠环损伤,严重的会造成直肠黏膜脱垂。如果是没有症状的轻微脱垂,也不需要特殊的处理。如果比较严重,则需要手术治疗。第四、切口无法愈合,有些特异性的感染,比如结核、克罗恩病等等,会导致术后切口愈合不良,需要在手术的同时治疗原发性疾病。