导致鳞状细胞癌的原因还没有完全搞清楚，就目前的研究来说大致有以下几个原因：
1、遗传因素，几乎所有恶性肿瘤都跟遗传背景有关，其证据就是如果直系亲属中有鳞状细胞癌的患者，他罹患鳞癌的概率明显高于没有患鳞癌亲属的人，而科学家也发现了与鳞癌发生有关的基因，正在进行深入研究。
2、慢性炎症，慢性炎症可导致癌症发生，这已经是肿瘤专家们的共识。慢性食管炎患者发生食管鳞癌的几率明显增高，长期抽烟可导致慢性肺炎，从而引起肺鳞癌，慢性炎症的刺激也是通过改变正常细胞基因的功能而导致鳞状上皮细胞发生癌变。
3、病毒感染，病毒感染人体后会改变人体的基因功能，导致鳞状上皮细胞发生癌变。最明显的例子是子宫颈鳞状细胞癌，该鳞癌的发生与人乳头瘤病毒感染密切相关，感染该病毒的人群发生子宫颈癌的概率明显高于无感染者，预防病毒感染的疫苗可以减少癌症发生率。
4、其他因素，包括化学药物、电离辐射等在内的物理和化学因素都会引起鳞癌的发生。
