1.胃灼热和反酸。胃灼热是指胸骨后和剑突下烧灼感，多在餐后一小时出现，平卧、弯腰或腹压增高时易发生，反流入口腔的胃内容物常呈酸性称为反酸，反酸常伴胃灼热，是本病最常见的症状。
卧床休息时，咽部或口腔中会有酸水或者食物从胃食管反流进来，甚至流入鼻腔，也有极少数的患者有胸骨后或心窝处的疼痛，有时会向后背、胸口放射，常与心绞痛还有胆囊炎等疾病会混淆。平时老百姓说的“烧心”，也是个典型症状，一般多在饮食一小时之后剑突下端最明显，当剧烈运动、弯腰时症状可加重。
2.吞咽疼痛和吞咽困难。有严重食管炎或食管溃疡时可出现吞咽疼痛，是由酸性反流物刺激食管上皮下的感觉神经末梢所引起。反流物也可刺激机械感受器引起食管痉挛性疼痛，严重时可为剧烈刺痛，向背、腰、肩、颈部放射，酷似心绞痛。由于食管痉挛或功能紊乱，部分患者又可吞咽困难，且发生食管狭窄时，吞咽困难持续加重。
3.其他症状。反流物刺激咽部黏膜可引起咽喉炎，出现声嘶，咽部不适或异物感。吸入呼吸道可发生咳嗽、哮喘、这种哮喘无季节性，常在夜间发生阵发性咳嗽和气喘。个别患者反复发生吸入性肺炎，甚至出现肺间质纤维化。
如反流物长期刺激咽喉部会引起咽喉炎，进而表现出咽部不适感；某些夜间烧心反酸诱发的哮喘、久治不愈的慢性咳嗽等。出现这些不典型症状的患者，往往认为是其他疾病呢，殊不知，罪魁祸首竟是胃食管反流。
