瓜蒌子和吊瓜子的营养价值各有侧重，瓜蒌子更富含不饱和脂肪酸和矿物质，吊瓜子则以蛋白质和膳食纤维见长。具体选择需根据个人营养需求决定。
瓜蒌子含有较高比例的不饱和脂肪酸，尤其是亚油酸和油酸，有助于调节血脂代谢，其钙、镁、锌等矿物质含量也较为突出，对骨骼健康和免疫功能有一定益处。吊瓜子的蛋白质含量明显高于瓜蒌子，且含有人体必需的8种氨基酸，其膳食纤维含量约为瓜蒌子的2倍，能促进肠道蠕动并增加饱腹感。两种瓜子均含有维生素E和B族维生素，但瓜蒌子的维生素E含量略高，抗氧化作用更显著。从微量元素来看，瓜蒌子的铁、硒元素含量占优，而吊瓜子的钾、磷元素更丰富。热量方面，每100克瓜蒌子约含550千卡，吊瓜子则为580千卡，两者均需控制摄入量。
吊瓜子外壳较硬不易消化，胃肠功能较弱者更适合选择瓜蒌子。瓜蒌子中的葫芦素类物质可能引起轻微腹泻，过敏体质者应谨慎食用。两种瓜子均含有少量氢氰酸苷，建议烘烤后食用以降低潜在风险。对于健身增肌人群，吊瓜子的高蛋白特性更具优势；心血管疾病患者则更适合选择不饱和脂肪酸含量高的瓜蒌子。传统中医认为瓜蒌子有润肺化痰功效，吊瓜子则更侧重健脾利水作用。
建议根据自身健康状况搭配食用这两种瓜子，每日摄入量控制在20-30克为宜。可将其作为坚果类零食替代高糖高盐食品，搭配酸奶或水果能提升营养均衡性。储存时需密封避光以防油脂氧化，发芽或霉变的瓜子应立即丢弃。慢性病患者食用前应咨询营养师，儿童及孕妇需特别注意控制摄入量以避免消化不良。长期单一食用某种瓜子可能导致营养失衡，建议与杏仁、核桃等其他坚果轮换食用。