玉檀木具有清热解毒、消肿止痛、祛风除湿等功效，主要用于治疗风湿痹痛、跌打损伤、皮肤瘙痒等症状。
1、清热解毒
玉檀木性寒凉，能有效清除体内热毒，适用于热毒盛引起的咽喉肿痛、口舌生疮等症状。其含有的生物活性成分可抑制炎症反应，减轻红肿热痛。使用时可将干燥树皮煎水内服或捣碎外敷患处，但脾胃虚寒者慎用。
2、消肿止痛
玉檀木中的挥发油和黄酮类物质能促进局部血液循环，缓解淤血肿胀，对跌打损伤、关节肿痛有明显改善作用。新鲜叶片捣烂后敷可快速减轻外伤性疼痛，配合热敷效果更佳。孕妇及皮肤破损者禁用外敷法。
3、祛风除湿
该药材能驱散关节经络中的风湿邪气，改善风湿性关节炎引起的晨僵、关节变形。常与羌活、独活等配伍煎汤服用，或制成药酒擦拭患处。使用期间需避免寒湿环境，阴虚火旺者不宜长期使用。
4、杀虫止痒
玉檀木提取物对疥螨、阴虱等寄生虫有杀灭作用，其水煎液冲洗可缓解湿疹、疥疮导致的皮肤瘙痒。外用时需稀释防止刺激，过敏体质者应先做皮试。严重皮肤感染者应配合抗生素治疗。
5、活血化瘀
通过改善微循环促进组织修复，适用于淤血型痛经、产后腹痛等症。可配伍当归、川芎等药材煎服，月经量多者慎用。现代研究显示其多糖成分能增强免疫功能，但需进一步临床验证。
使用玉檀木时应注意体质辨证，风寒感冒初期及阳虚畏冷者忌用，内服剂量不宜超过10克/日。新鲜药材外敷需防止接触眼睛黏膜，出现皮疹等过敏反应应立即停用。建议在中医师指导下配伍使用，治疗期间保持饮食清淡，避免辛辣油腻食物，风湿患者可配合艾灸、拔罐等物理疗法增强疗效。储存时应置于阴凉干燥处防止霉变，儿童需在成人监护下使用。