生物黄酮饮料主要具有抗氧化、抗炎、保护心血管等功效，其作用与黄酮类化合物的生物活性密切相关。生物黄酮饮料的功效作用主要有增强血管弹性、调节免疫功能、辅助降低胆固醇、延缓衰老、改善微循环等。
黄酮类化合物可通过抑制血管紧张素转换酶活性，减少血管收缩物质生成，同时促进一氧化氮释放，帮助舒张血管平滑肌。这种双重作用能改善血管内皮功能，减轻动脉硬化早期病变，对高血压及动脉粥样硬化高危人群具有预防价值。常见含槲皮素、芦丁等成分的饮料对此效果较显著。
黄酮可通过调控Th1/Th2细胞平衡，抑制过度炎症反应，减少白介素-6等促炎因子释放。柑橘类黄酮能增强自然杀伤细胞活性，而大豆异黄酮可促进巨噬细胞吞噬功能。长期适量饮用有助于改善过敏性鼻炎、慢性咽炎等免疫相关症状，但自身免疫性疾病患者需谨慎。
黄酮分子结构与胆固醇相似，可在肠道竞争性抑制胆固醇吸收，同时激活肝脏低密度脂蛋白受体，加速胆固醇代谢。葡萄籽提取物饮料中的原花青素能减少氧化型低密度脂蛋白形成，对轻度血脂异常者辅助效果较好，但严重高脂血症仍需联合药物治疗。
黄酮的酚羟基结构能直接清除自由基，激活超氧化物歧化酶等内源性抗氧化酶系。蓝莓、黑枸杞饮料含有的花青素可穿透血脑屏障，减少神经细胞脂质过氧化，改善认知功能衰退。实验显示规律摄入黄酮饮料者皮肤胶原蛋白降解速度减缓，但需配合防晒才能显效。
黄酮通过抑制血小板聚集和纤维蛋白原沉积，降低血液黏稠度，促进毛细血管血流灌注。银杏叶提取物饮料对糖尿病视网膜病变、冻疮等微循环障碍有改善作用，其效应与增加红细胞变形能力有关，但急性出血性疾病患者禁用。
选择生物黄酮饮料时应注意成分标注，优先选择无添加糖及人工香精的产品。每日饮用不宜超过500毫升，空腹饮用可能引起胃肠不适。慢性病患者饮用前应咨询医生，避免与华法林等抗凝药物同服。建议搭配富含维生素C的水果共同食用，可提高黄酮生物利用度。储存时需避光密封，开封后尽快饮用完毕以防氧化失效。
