卵巢囊肿与巧克力囊肿的主要区别在于病因和性质，前者多为生理性囊性结构，后者属于子宫内膜异位症引起的病理性囊肿。
1、病因差异卵巢囊肿常与排卵周期相关，多为滤泡或黄体未及时消退形成的生理性改变；巧克力囊肿由子宫内膜组织异位至卵巢，经血积聚形成陈旧性出血囊肿。
2、内容物不同普通卵巢囊肿内多为清亮浆液或黏液；巧克力囊肿因含降解的经血，囊液呈粘稠巧克力样，病理检查可见含铁血黄素沉积。
3、症状特点生理性卵巢囊肿多无症状；巧克力囊肿常伴随进行性加重的痛经、性交痛及不孕，妇科检查可触及固定压痛包块。
4、治疗方式无症状卵巢囊肿可观察；巧克力囊肿需药物抑制内膜生长或手术切除，药物可选地诺孕素、戈舍瑞林，手术以腹腔镜囊肿剥除为主。
建议定期妇科检查，突发下腹剧痛或囊肿直径超过5厘米需及时就诊，避免剧烈运动以防囊肿扭转破裂。
