肝囊肿通常无须药物治疗，多数情况下通过定期观察或穿刺引流等非药物方式处理，药物对囊肿本身无明显消除作用。
体积较小的单纯性肝囊肿多为先天发育异常，无明显症状时无须干预，建议每6-12个月复查超声监测变化。
合并细菌感染时可出现发热、肝区疼痛，需在医生指导下使用头孢曲松、甲硝唑等抗生素控制感染，但无法消除囊肿结构。
肝包虫病需联合使用阿苯达唑、吡喹酮等抗寄生虫药物，同时需配合穿刺抽吸或手术清除囊腔，单纯用药难以根治。
遗传性多囊肝可能伴随肾功能异常，需针对并发症使用托伐普坦等药物延缓进展，但无法逆转已形成的囊肿。
日常避免肝区外伤，控制高蛋白饮食摄入，囊肿直径超过5厘米或出现压迫症状时需及时就医评估手术指征。
