肺脓肿多数情况下经规范治疗不会遗留后遗症，但严重感染或治疗不及时可能引发肺纤维化、支气管扩张、脓胸等并发症。
肺脓肿炎症反复发作可能导致局部组织瘢痕化，表现为活动后气促，需通过肺功能锻炼和抗纤维化药物干预。
脓肿破坏支气管结构易引发慢性咳嗽、大量脓痰，需长期体位引流并使用支气管扩张剂如氨茶碱、沙丁胺醇。
脓肿破入胸膜腔会引起持续胸痛，需胸腔闭式引流联合抗生素如头孢曲松、莫西沙星治疗。
罕见情况下病原体血行播散至颅内，表现为头痛高热，需紧急手术清除并静脉用万古霉素联合美罗培南。
康复期应避免吸烟及呼吸道刺激，定期复查胸部CT监测肺功能变化，出现咳血或呼吸困难需立即就诊。
