重症脑炎经过规范治疗多数可以治愈，预后与病原体类型、治疗时机、基础疾病等因素有关，主要治疗方式包括抗感染治疗、免疫调节、对症支持、康复治疗。
病毒性脑炎可使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物，细菌性脑炎需用头孢曲松、万古霉素等抗生素，需通过脑脊液检查明确病原体。
自身免疫性脑炎需采用甲泼尼龙冲击治疗或静脉注射免疫球蛋白，部分患者需联合利妥昔单抗等生物制剂控制免疫反应。
针对颅内压增高使用甘露醇脱水，癫痫发作时给予丙戊酸钠控制，重症患者需要呼吸机辅助通气维持生命体征。
遗留运动障碍需进行运动功能训练，认知损害者接受认知康复，语言障碍患者进行言语治疗，康复介入越早效果越好。
治疗期间需保证营养摄入，恢复期避免剧烈运动，定期复查脑电图和影像学评估恢复情况，部分患者需长期随访神经系统后遗症。
