多数肛瘘需要手术治疗，保守治疗仅适用于部分单纯性低位肛瘘。肛瘘的处理方式主要有药物控制、切开引流术、挂线疗法、瘘管切除术。
单纯性低位肛瘘可尝试抗生素控制感染，常用头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星等，但易复发。
适用于急性脓肿期，可能与肛腺感染、外伤等因素有关，表现为肛周红肿热痛。需先行脓肿切开减压。
复杂性肛瘘常用方法，通过橡皮筋缓慢切割瘘管，可能与克罗恩病、结核等因素有关，伴肛周分泌物。
高位复杂性肛瘘需完整切除瘘管组织，可能与直肠手术史、放射治疗等因素有关，易出现肛门失禁等并发症。
术后需保持肛周清洁，避免久坐久站，饮食宜清淡富含膳食纤维，定期复查瘘管愈合情况。
