多数颌骨囊肿需要手术治疗，但部分小型无症状囊肿可暂缓处理。处理方式主要有观察随访、囊肿减压术、刮治术、颌骨切除术。
直径小于10毫米且无感染的静止性囊肿可定期影像学复查，每6-12个月拍摄曲面断层片监测变化。适用于老年患者或全身状况较差者。
通过造瘘引流降低囊内压力，促进周围骨组织再生。适用于含牙囊肿等大型囊性病变，术后需配合生理盐水冲洗，复发概率约15％。
彻底刮除囊壁及病变组织，适用于根尖囊肿、残余囊肿等常见类型。术中可能需配合根管治疗或拔牙，术后骨缺损区通常能自行修复。
针对侵袭性强的角化囊肿或复发病例，需切除部分颌骨并植骨修复。可能与基底细胞痣综合征等遗传疾病有关，术后需长期随访。
日常应保持口腔卫生，避免患侧咀嚼硬物，术后三个月内禁止剧烈运动，定期复查观察骨愈合情况。
