何首乌可能引起肝功能异常、胃肠不适、过敏反应、药物相互作用等副作用，使用前需严格遵医嘱。
何首乌含蒽醌类成分可能损伤肝细胞，长期或过量使用可能导致转氨酶升高，表现为乏力、食欲减退。需立即停药并监测肝功能，必要时使用护肝药物如复方甘草酸苷、水飞蓟素、双环醇。
生何首乌中的鞣质刺激胃肠黏膜，可能引发腹痛、腹泻。建议改用炮制品，症状持续时可服用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌、铝碳酸镁缓解。
部分人群对何首乌蛋白成分过敏，出现皮疹、瘙痒甚至呼吸困难。需立即停用，严重时需注射地塞米松，口服氯雷他定、西替利嗪抗过敏治疗。
何首乌与抗凝药华法林联用可能增加出血风险，与降糖药合用易引发低血糖。合并用药期间应监测凝血功能和血糖，调整剂量需在医生指导下进行。
使用何首乌前应辨证施治，避免与酒类同服，肝功能不全者慎用，出现不适及时就医。
