新生儿肺动脉高压多数可以治愈，治疗方式主要有药物控制、氧疗支持、机械通气、手术治疗等，具体预后与病因及病情严重程度相关。
使用西地那非、波生坦等靶向药物扩张肺血管，降低肺动脉压力，需在新生儿重症监护下调整剂量。
通过头罩或鼻导管给氧维持血氧饱和度，改善低氧血症，避免肺血管进一步收缩。
对呼吸衰竭患儿采用无创或有创通气，纠正酸中毒和二氧化碳潴留，减轻肺血管阻力。
先天性心脏病继发的肺动脉高压需手术矫治畸形，严重病例可考虑体外膜肺氧合支持。
早产儿或合并其他器官功能障碍者需综合评估，母乳喂养期间母亲应避免使用影响药物代谢的食物。
