无痛肠镜不适宜人群主要包括严重心肺功能不全、严重高血压、严重贫血、妊娠期女性以及对麻醉药物过敏者。无痛肠镜需要静脉麻醉，可能对特定人群存在较高风险，需由医生评估后决定是否进行检查。
严重心肺功能不全患者因麻醉可能抑制呼吸和循环功能，增加术中缺氧或心律失常风险。严重高血压未控制者在麻醉诱导期可能出现血压剧烈波动，诱发脑血管意外。严重贫血患者血红蛋白低于一定水平时，麻醉会加重组织供氧不足。妊娠期女性应避免非必要麻醉，防止药物影响胎儿发育。对丙泊酚等麻醉药物过敏者可能出现过敏性休克等严重反应。
除上述禁忌证外，近期有急性心肌梗死、脑卒中、严重电解质紊乱、上呼吸道感染伴发热等情况也需暂缓检查。检查前应如实告知医生病史及用药情况，完善心电图、血常规等评估。术后需有人陪同，24小时内避免驾驶或高空作业。日常可通过增加膳食纤维、规律排便等方式维护肠道健康，40岁以上人群建议定期进行肠癌筛查。
