目前尚无检查能完全替代肠镜，但部分情况下可选择粪便潜血试验、粪便DNA检测、CT结肠成像、钡剂灌肠造影或胶囊内镜作为辅助手段。肠镜仍是诊断结直肠疾病的金标准，其他检查各有局限性。
粪便潜血试验通过检测粪便中微量血液筛查结直肠病变，操作简便无创但假阳性率高，需多次检测。粪便DNA检测能发现肿瘤特异性基因突变，对早期癌变敏感度较高，但成本昂贵且无法精确定位病灶。CT结肠成像利用三维重建技术观察肠壁结构，能检测较大息肉和肿瘤，但辐射暴露且对扁平病变识别率低。钡剂灌肠造影通过X线显影观察肠道轮廓变化，可显示肠腔狭窄和较大占位，但难以发现微小病变且存在误诊可能。胶囊内镜可拍摄全消化道图像，适用于小肠疾病评估，但无法取活检且存在胶囊滞留风险。
选择替代检查需结合患者具体情况，如高龄体弱者可考虑无创检查，疑似小肠病变适用胶囊内镜，术后复查可选CT成像。但所有替代方法均存在漏诊可能，对于高风险人群、疑似恶性肿瘤或需要病理确诊的情况，仍应优先进行肠镜检查。日常应注意保持高纤维饮食，控制红肉摄入，50岁以上人群建议定期进行结直肠癌筛查，出现便血、排便习惯改变等症状时及时就医。
