脑脓肿和脑囊肿的区别在于发生原因不同、引发的症状不同、治疗的手段亦不相同。第一，脑脓肿是因为各种感染途径引起颅内感染，而形成脑脓肿的发生。而脑囊肿则为先天性因素发育异常引起，如松果体囊肿、透明隔囊肿、表皮囊肿，其中发生率最高的为蛛网膜囊肿。第二，脑囊肿进展缓慢，一般无明显症状，当进一步增大后会引起头痛、头晕、呕吐、肢体功能障碍、癫痫及局部颅骨的变形等症状。脑脓肿则以高热、肌肉酸痛、感染性指标明显增高，亦可以发生颅内压力高、肢体功能障碍、意识障碍发生。第三，脑脓肿主要以抗感染治疗为主，根据脓肿的大小、位置、数量决定是否行手术治疗。脑囊肿主要以进一步观察为主，脑囊肿增大导致发生神经功能障碍时可考虑手术治疗。
