甲状腺囊肿可能会自行消失，具体与囊肿性质有关。甲状腺囊肿的处理方式主要有观察随访、穿刺抽液、硬化治疗、手术切除、放射性碘治疗。
体积较小的单纯性囊肿存在自然吸收的可能。这类囊肿通常由甲状腺滤泡内液体潴留形成，囊壁薄且无实性成分，部分患者在3-6个月随访期间可见囊肿缩小或消失。超声检查显示囊液清亮、无血流信号时，医生多建议定期复查，期间保持规律作息与均衡饮食有助于甲状腺功能稳定。
复杂性囊肿或伴发异常症状者难以自愈。当囊肿直径超过3厘米、囊壁钙化或存在实性结节时，可能压迫气管导致呼吸困难，或引发声音嘶哑等喉返神经症状。此类囊肿常需医疗干预，如超声引导下穿刺抽吸囊液后注射聚桂醇硬化剂，可降低复发概率。若穿刺后复发或怀疑恶变，需考虑甲状腺部分切除术。
甲状腺囊肿患者应避免颈部受压，定期监测甲状腺功能。日常饮食可适量增加海带、紫菜等富碘食物，但合并甲亢者需限制碘摄入。出现颈部肿胀加重、吞咽梗阻感或心悸多汗等症状时，应及时复查甲状腺超声与激素水平。
