碎结石对肾脏的损害程度与结石大小、位置及处理方式有关，多数情况下规范操作不会造成显著损害，但操作不当可能引发感染或肾功能损伤。
体外冲击波碎石是目前常用的非侵入性治疗方式，通过高能声波将结石分解为小颗粒后随尿液排出。该技术对肾脏的机械损伤通常局限在结石周围组织，术后可能出现短暂血尿或轻微腰痛，多数在1-3天内自行缓解。采用精准定位和能量控制可最大限度保护肾实质，肾功能正常者接受1-2次治疗一般不会造成永久性损害。对于直径小于20毫米的肾盂结石，碎石成功率较高且并发症概率较低。
当结石体积过大或质地坚硬时，可能需要多次碎石增加肾脏负担。若结石阻塞输尿管造成肾积水未及时解除，碎石操作可能加重尿路梗阻风险。存在活动性尿路感染时进行碎石，细菌可能随碎石进入血液导致脓毒血症。糖尿病患者或既往有慢性肾病者，肾脏代偿能力下降，术后更易出现肾功能恶化。少数情况下碎石颗粒在输尿管形成石街，需通过输尿管镜进一步处理。
术后应每日饮水2000-3000毫升促进残石排出，避免剧烈运动防止继发出血。出现持续发热、严重血尿或排尿困难需立即复查。饮食上限制草酸含量高的菠菜、坚果等食物，适当补充柑橘类水果预防复发。定期进行尿液分析和超声检查监测肾脏恢复情况，合并代谢异常者需同步治疗基础疾病。
