碎结石对肾脏的损害程度与结石大小、位置及处理方式有关，多数情况下规范操作不会造成显著损害，但操作不当可能引发感染或肾功能损伤。
体外冲击波碎石是目前常用的非侵入性治疗方式，通过高能声波将结石分解为小颗粒后随尿液排出。该技术对肾脏的机械损伤通常局限在结石周围组织，术后可能出现短暂血尿或轻微腰痛，多数在1-3天内自行缓解。采用精准定位和能量控制可最大限度保护肾实质，肾功能正常者接受1-2次治疗一般不会造成永久性损害。对于直径小于20毫米的肾盂结石，碎石成功率较高且并发症概率较低。
当结石体积过大或质地坚硬时，可能需要多次碎石增加肾脏负担。若结石阻塞输尿管造成肾积水未及时解除，碎石操作可能加重尿路梗阻风险。存在活动性尿路感染时进行碎石，细菌可能随碎石进入血液导致脓毒血症。糖尿病患者或既往有慢性肾病者，肾脏代偿能力下降，术后更易出现肾功能恶化。少数情况下碎石颗粒在输尿管形成石街，需通过输尿管镜进一步处理。
术后应每日饮水2000-3000毫升促进残石排出，避免剧烈运动防止继发出血。出现持续发热、严重血尿或排尿困难需立即复查。饮食上限制草酸含量高的菠菜、坚果等食物，适当补充柑橘类水果预防复发。定期进行尿液分析和超声检查监测肾脏恢复情况，合并代谢异常者需同步治疗基础疾病。
肾结石碎石治疗一般不会直接导致肾衰竭，但重复多次碎石可能增加肾功能损伤风险。肾结石碎石次数与肾衰竭的关系主要取决于结石大小、位置、患者肾功能基础状况及操作规范性等因素。
体外冲击波碎石是肾结石的常规治疗方式，单次规范操作对肾脏影响较小。冲击波能量可能造成肾实质轻微损伤，但健康肾脏具有代偿修复能力。多数患者接受1-5次碎石治疗不会显著影响肾功能，术后适当补液、避免剧烈运动可促进恢复。结石体积较大或质地坚硬时，医生会分阶段碎石以降低肾脏负担，每次间隔2-4周让组织修复。
少数患者重复进行7次以上碎石可能累积肾损伤，尤其合并糖尿病肾病、慢性肾炎等基础病变时。高频次冲击可能导致肾包膜下血肿、肾单位纤维化，进而影响滤过功能。存在肾盂输尿管连接部狭窄或感染性结石者，碎石后易发生尿路梗阻或脓毒血症，这些并发症可能间接导致急性肾损伤。临床建议两次碎石间隔不少于3周，年度总次数控制在6次内。
预防肾衰竭需定期监测尿常规和血肌酐，碎石后出现持续腰痛、血尿或尿量减少应及时复查。每日饮水2000-3000毫升有助于残石排出，限制高草酸食物摄入可降低复发风险。合并高血压或代谢异常者需同步治疗基础疾病，避免肾功能进一步恶化。
