酸奶的蛋白质含量通常与牛奶相当或略低，具体差异与制作工艺和原料配比有关。
酸奶由牛奶发酵制成，发酵过程中部分乳蛋白会被乳酸菌分解为更易吸收的小分子肽和氨基酸，但总蛋白含量变化不大。全脂牛奶蛋白质含量约为3-3.5克/100毫升，而市售原味酸奶蛋白质含量多在2.8-3.3克/100毫升。部分希腊酸奶因过滤乳清工艺会使蛋白质浓缩至5-7克/100毫升，显著高于普通牛奶。添加果粒、糖分等成分的风味酸奶可能因稀释作用导致蛋白质含量降至2.5克/100毫升以下。蛋白质含量差异主要取决于是否添加乳清蛋白粉、是否进行脱脂处理以及发酵后是否去除乳清等因素。
选择乳制品时可查看营养成分表，乳糖不耐受人群更适合选择酸奶，需要控制热量摄入者可选低脂高蛋白产品。日常饮食中可通过搭配鸡蛋、豆类等食物补充优质蛋白，乳制品建议每日摄入300-500毫升。
