红莲子和白莲子的营养成分存在一定区别，主要体现在微量元素和植物化学物质含量上。红莲子通常含有更多铁元素和花青素，白莲子则淀粉含量略高且口感更细腻。
红莲子因保留种皮，其铁、锌等矿物质含量高于白莲子，尤其适合缺铁性贫血人群。花青素作为天然抗氧化剂，赋予红莲子清除自由基的能力，对心血管健康有一定益处。白莲子经过脱皮加工后，淀粉颗粒暴露更充分，消化吸收率提升，更适合胃肠功能较弱者。两者蛋白质含量差异不大，均含有人体必需氨基酸，但白莲子中的支链氨基酸比例稍高，对肌肉修复更具优势。膳食纤维方面，红莲子因保留种皮而含量略高，有助于延缓餐后血糖上升。
红莲子加工过程中未破坏种皮结构，其维生素B1、B2等水溶性维生素损失较少，而白莲子因去皮工序会流失部分表皮营养素。两种莲子均含有莲子碱、金丝桃苷等活性成分，但红莲子的生物碱总量通常比白莲子高，食用时需注意控制量，避免过量摄入引起不适。从传统药用角度看，红莲子更侧重补血安神功效，白莲子更长于健脾止泻，实际选择应根据体质需求决定。
日常食用可交替选择两种莲子，红莲子适合炖汤或制作甜品，白莲子更适宜煮粥或打粉冲调。无论选择哪种莲子，建议浸泡2小时以上使淀粉充分糊化，更利于营养素释放。特殊人群如孕妇食用红莲子每日不超过15克，避免生物碱蓄积。储存时需保持干燥，发霉变质的莲子会产生黄曲霉毒素，务必丢弃不可食用。
