大蒜一般能微波加热，但需控制时间和温度以避免营养流失或产生焦糊。微波加热可能导致部分蒜氨酸酶失活，降低大蒜素生成效率。
微波加热大蒜时，中低功率加热10-15秒即可软化蒜瓣便于剥皮，此时大蒜中的挥发性硫化合物保留较多。短时加热对大蒜的抗菌成分影响较小，仍能保留部分大蒜素活性。若需完整保留大蒜素，可将蒜瓣切碎后静置10分钟再加热，利用酶促反应充分生成活性成分。微波加热过程中建议使用微波专用容器，避免水分过度蒸发导致蒜瓣干瘪。
长时间高功率处理可能导致大蒜碳化或产生苦味。当微波加热超过30秒或功率超过800瓦时，大蒜中的糖类和氨基酸易发生美拉德反应，不仅降低营养价值，还可能生成丙烯酰胺等潜在有害物质。整头带皮大蒜直接加热易因内部蒸汽积聚引发表皮爆裂，建议剥成单瓣并刺破外皮再加热。特殊情况下如制作蒜泥，微波加热后需立即使用以避免氧化。
微波加热后的大蒜建议尽快食用，避免反复加热导致风味物质挥发。日常使用时可搭配油脂类食物提升脂溶性成分吸收，胃肠敏感者应控制摄入量。若需最大化保留营养成分，可优先选择压蒜器处理生蒜或短时低温油煸的烹饪方式。
