吃南瓜子需注意控制食用量、避免过敏反应、警惕霉变风险、特殊人群慎食以及合理搭配饮食。南瓜子富含锌、镁等矿物质和健康脂肪酸，但不当食用可能引发胃肠不适或加重肝肾负担。
南瓜子每日建议食用量不超过50克，过量可能诱发腹胀、腹泻等消化不良症状。对南瓜科植物过敏者可能出现皮肤瘙痒、口腔肿胀等过敏反应，初次食用应少量尝试。储存不当的南瓜子易滋生黄曲霉菌，霉变后会产生致癌物质，食用前需仔细检查是否发黑变味。胃肠功能较弱者空腹大量进食可能刺激胃黏膜，建议搭配其他食物分次食用。南瓜子含较多嘌呤和油脂，痛风患者及高脂血症人群需严格控制摄入量。儿童应在家长监督下食用，避免呛入气道引发窒息风险。
南瓜子最好选择原味未添加盐分的产品，避免高盐摄入影响血压。食用时可搭配富含维生素C的水果促进铁吸收，但不宜与富含草酸的菠菜同食以免影响矿物质吸收。建议密封避光保存于阴凉处，开封后尽快食用完毕。出现恶心、皮疹等不适症状应立即停食并就医。将南瓜子作为均衡饮食的组成部分，配合适量运动更有利于营养吸收利用。
