肉毒杆菌芽胞对热具有强大的抵抗力，煮沸数小时仍可存活，但肉毒毒素可因加热而被破坏，因此，加热食物至80℃30分钟可预防食物肉毒中毒。在进食前加热烹调食物几乎可以完全预防肉毒中毒，但如果烹调后放置过久或烹调加热不足仍可引起肉毒中毒。肉毒杆菌在普通电冰箱内的温度即3℃的低温时仍可产生一些毒素。
工业化生产和家庭制作的食品都应在进食前经足够的高温加热处理，这是预防肉毒中毒的基本措施。有任何腐烂迹象的罐头食品都可能是致命的，应该丢弃。因为肉毒杆菌芽胞可存在于蜂蜜内，因此，小于1岁的婴儿不应该喂养蜂蜜。
即使小量的毒素经口腔摄入、经肺吸入或经眼或破损的皮肤吸收入体内，都可引起严重的中毒。因此，任何有污染的食物都应丢弃，还应避免皮肤接触毒素，或在接触这些食物后立即洗手。
对可疑肉毒中毒的病人应立即送往医院。虽然实验室结果能确立诊断，但是，常常还等不到实验结果出来就应该及时治疗抢救。为防止身体可能继续吸收毒素，可通过诱导病人呕吐、插入胃管洗胃等方法减少胃内毒素吸收，给予泻药使病人加快肠内容物的排泄。
肉毒中毒最危险的问题是呼吸停止，所以应定时检测病人的生命体征（脉搏、呼吸频率、血压和体温）。如果病人出现呼吸困难，应转入重症监护病房，可安装临时呼吸机帮助呼吸。重症监护病房的抢救治疗使肉毒中毒的病死率从20世纪早期的70％降至现在的10％以下。静脉输液也是需要的。
虽然肉毒杆菌抗毒素不能停止病变损害，但它可以减慢或停止躯体和精神方面的进一步损害，使机体在数月后逐渐自行恢复。因此，在诊断肉毒中毒后，应尽早使用抗毒素。若能在发病后72小时内给予抗毒素，会取得较好的治疗效果。目前认为对婴儿肉毒中毒者最好不用抗毒素，因为抗毒素对这种肉毒中毒的疗效还正在研究之中。
