肛瘘通常可以通过手术治疗获得较好效果，治疗难度与瘘管位置、复杂程度有关，主要方法有瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术、生物材料填充术。
1、瘘管切开术适用于低位单纯性肛瘘，通过切开瘘管促进愈合，术后需每日坐浴保持创面清洁。
2、挂线疗法针对高位复杂性肛瘘，用弹性线缓慢切割瘘管，分次紧线可避免肛门失禁风险。
3、肛瘘切除术彻底切除瘘管及周围瘢痕组织，适用于反复发作的肛瘘，创面较大需配合伤口护理。
4、生物材料填充采用异体脱细胞基质材料封闭瘘管，创伤较小但费用较高，适合特定类型肛瘘。
术后需保持大便通畅，避免久坐久站，定期复查可降低复发概率，出现发热或渗液增多应及时就医。
