多数肛瘘患者需要手术治疗，但部分早期或单纯性肛瘘可尝试保守治疗，主要方法有抗生素治疗、局部引流、中药坐浴、饮食调节。
1、抗生素治疗急性感染期可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星等药物控制炎症，但无法根治瘘管。
2、局部引流通过置入引流条保持瘘管通畅，减少脓液积聚，适用于暂时无法手术者，需定期换药。
3、中药坐浴选用清热解毒类中药煎汤熏洗，可缓解局部红肿疼痛，但无法闭合瘘管内口。
4、饮食调节增加膳食纤维摄入，保持大便通畅，避免辛辣刺激食物，减少肛门刺激。
保守治疗期间需定期复查，若出现发热、疼痛加重或分泌物增多应及时就医，复杂性肛瘘建议尽早手术根治。
