按摩关元穴的最佳时间在早晨起床后或睡前1小时，主要与气血运行规律、消化状态、昼夜节律、个人体质等因素有关。
1、气血运行早晨5-7点大肠经当令时按摩关元穴有助于升发阳气，促进肠道蠕动，适合便秘或阳虚人群。
2、消化状态饭后2小时进行按摩可避免影响消化功能，空腹状态能更好激发穴位效应，改善胃肠虚弱症状。
3、昼夜节律夜间21-23点三焦经运行时按摩关元穴可调节内分泌系统，对失眠或月经不调有辅助改善作用。
4、个体差异体质虚寒者宜在午时按摩，湿热体质建议傍晚操作，每次按摩以局部微热为度，单次不超过15分钟。
按摩前后可饮用温开水，配合腹式呼吸增强效果，若出现头晕心悸应立即停止，孕妇及经期女性慎用此法。
