扁桃体结石可能会自动排出，但概率较低。扁桃体结石是扁桃体隐窝内脱落上皮、细菌及食物残渣等物质钙化形成的硬块，多数情况下需要通过人为干预清除。
体积较小的扁桃体结石可能在咳嗽、吞咽或说话时自然脱落。这类结石通常直径不超过2毫米，表面光滑，容易随着扁桃体隐窝的分泌物移动排出。部分患者会在晨起刷牙时发现口腔内有白色颗粒，即为脱落的结石。但这种情况多发生于结石形成早期，且隐窝开口较宽大的个体。
体积较大或位置较深的结石难以自行排出。直径超过3毫米的结石容易卡在隐窝深处，长期刺激周围组织引发口臭、咽部异物感等症状。若结石与隐窝黏膜粘连，可能继发慢性扁桃体炎，导致隐窝开口狭窄甚至闭合。此时需通过专业器械清理或盐水冲洗才能取出。
日常保持口腔卫生有助于减少结石形成。建议使用软毛牙刷清洁舌苔，饭后用温盐水漱口，避免食物残渣滞留。若反复出现结石或伴有持续咽痛，应及时到耳鼻喉科检查，评估是否需进行扁桃体隐窝冲洗或扁桃体切除术。长期未处理的结石可能成为细菌温床，增加扁桃体急性感染风险。
扁桃体结石可能引发口臭、咽喉不适及感染扩散等问题。
扁桃体结石是积聚在扁桃体隐窝的钙化物质，长期存在会导致持续性口臭，因细菌分解产生硫化物。结石刺激咽喉黏膜可能引发异物感、吞咽疼痛或慢性咽炎，严重时可能阻塞呼吸道影响呼吸。若结石周围继发感染，可能扩散至周围组织引发扁桃体周围脓肿，甚至通过血液传播导致全身感染。部分患者因反复刺激可能出现反射性耳痛或下颌淋巴结肿大。
日常建议保持口腔卫生，使用淡盐水漱口，避免辛辣刺激食物，定期进行口腔检查。
