龟头阵痛可能的原因如下:1、龟头炎,可以出现局部的间断刺痛感,并且伴有局部的红肿,或者龟头上分布小红点、红斑等改变,急性期可伴有局部的糜烂、渗出等,一般不伴有任何排尿异常。多见于包皮过长或者包茎的患者,或者局部卫生不良存在较多污垢的患者。建议进行相关病原学检查,给予对症、抗感染的药物处理。2、尿道炎,可在排尿时出现龟头阵痛,多因为尿道黏膜出现水肿、糜烂,或者出现局部的出血等改变,尿液刺激局部炎性糜烂的黏膜,故而出现刺痛感。可向龟头前端放射,多伴有尿频、尿急、排尿疼痛等症状,需要进行尿常规检查进一步确诊。3、如果存在尿道结石,可在排尿时出现龟头的刺痛感或者出现间断的龟头刺痛感。因为结石梗阻于局部黏膜,造成慢性刺激,故而产生慢性疼痛,疼痛可向龟头部位放射,建议进行尿道镜检查进一步确诊。