新生儿出血症可根据出血部位和类型进行判断，如：
胃肠道出血。应与咽下综合征、应激性溃疡、消化道畸形和感染引起的消化道出血鉴别，这些患儿无凝血障碍。
产伤性出血。多发生于分娩的先露部位，生后即出现。但需注意产伤偶可与本病同时并存，使出血加重。
其他部位出血。如脐部出血应与脐带接扎不紧、脐部感染或肉芽肿等所致出血鉴别。阴道出血应与假月经鉴别。遗传性毛细血管扩张症可在新生儿早期发生消化道出血。
