一般治疗：强调休息、饮食和营养。活动期应充分休息，给予流食，待病情好转后改为富营养少渣饮食，部分病人限制乳制品摄入。情绪对病情有影响，可予心理治疗。
活动期治疗：直肠炎给予氨基水杨酸或糖皮质激素保留灌肠，可辅以口服氨基水杨酸制剂。轻、中型结肠炎先口服氨基水杨酸，可辅以氨基水杨酸或激素灌肠，疗效不佳者改服糖皮质激素。重症结肠炎先静滴糖皮质激素、后改口服，症状无改善者可给环狍素静滴。激素疗效不佳或激素依赖者可加用免疫抑制剂、如硫唑嘌呤等。疗效不佳或药物不良反应严重、已明显影响生活质量者，考虑手术治疗。
缓解期维持治疗：缓解期必须给予氨基水杨酸维持治疗，如柳氮磺、艾迪沙、奥柳氮、巴柳氮等，维持治疗1-2年。有的病人可用硫唑嘌呤等维持治疗。
中药治疗：溃疡性结肠炎属于中医的腹痛、泄泻、痢疾、肠风和便血等范畴。湿热内蕴为其标实，脾肾亏虚为其本虚，二者互为因果。气滞血瘀贯穿整个病程中。治疗应采取清热利湿、健脾益气、温肾健脾、疏肝健脾、行气活血、涩肠止泻、益气固肠等。
中西医结合疗法是目前治疗溃疡性结肠炎的最佳选择。
