苦杏仁止咳的原理主要与其所含的苦杏仁苷在体内分解产生的氢氰酸有关，后者通过抑制咳嗽中枢发挥镇咳作用，同时具有稀释痰液的效果。
苦杏仁中的苦杏仁苷在肠道内被分解为氢氰酸、苯甲醛和葡萄糖。氢氰酸微量时可选择性抑制延髓咳嗽中枢，降低呼吸道黏膜敏感性，减少咳嗽反射。该成分对痉挛性干咳效果显著，但需严格控制剂量以避免毒性反应。苯甲醛具有轻度镇静作用，可缓解咳嗽引发的咽喉刺激感。葡萄糖分解产物为黏膜提供能量，促进纤毛运动辅助排痰。苦杏仁煎煮后部分氢氰酸挥发，保留镇咳成分的同时降低毒性风险。
传统用法常将苦杏仁与蜂蜜配伍，蜂蜜的黏稠质地可覆盖咽喉部黏膜形成保护层，减少外界刺激引发的咳嗽反射。现代药理学证实苦杏仁提取物能降低气道高反应性，对过敏性咳嗽有一定缓解作用。其镇咳效果弱于磷酸可待因但强于右美沙芬，适合轻中度咳嗽的短期对症处理。使用时应避免与中枢性镇咳药联用，防止呼吸抑制叠加效应。
使用苦杏仁止咳时建议采用煎煮法破坏毒性成分，成人每日用量控制在10-15克，儿童须减半并在医师指导下使用。咳嗽伴浓痰、发热或持续超过1周者禁用，孕妇及肝肾功能不全者慎用。服药期间避免食用酸性食物以免增加氢氰酸释放风险，同时监测是否出现头晕、恶心等中毒先兆。建议将苦杏仁作为咳嗽辅助治疗手段，急性感染性咳嗽仍需联合抗生素等对因治疗。储存时需密封防潮以防止苦杏仁苷酶解失效，变质发霉的苦杏仁绝对禁止使用。