梅毒晚期通常可以治疗，但可能遗留不可逆的器官损害。晚期梅毒主要指三期梅毒及神经梅毒、心血管梅毒等并发症，需通过青霉素类药物规范治疗控制病情进展。
晚期梅毒患者即使完成足疗程青霉素治疗，已形成的组织损伤如主动脉瘤、脊髓痨等难以完全逆转。神经梅毒需采用水剂青霉素静脉给药，部分患者可能需重复多个疗程。心血管梅毒合并主动脉瓣关闭不全时，在抗梅毒治疗基础上可能需联合心血管手术干预。晚期梅毒治疗期间可能出现吉海反应，表现为发热、头痛等症状，需提前预防性使用糖皮质激素。所有晚期梅毒患者治疗后需定期进行血清学随访，监测非特异性抗体滴度变化。
晚期梅毒患者治疗后应保持规律作息，避免吸烟饮酒等加重血管损伤的行为，合并神经系统症状者需进行康复训练。日常饮食注意补充优质蛋白和维生素，定期复查血清学指标及受累器官功能评估，配偶及性伴侣须同步筛查治疗。若出现视力异常、胸痛、运动障碍等症状应及时复诊，不可自行调整用药方案。