大豆卵磷脂软胶囊可能出现胃肠不适、过敏反应、血压波动、激素水平影响等副作用，通常与个体差异或过量服用有关。
部分人群服用后可能出现腹胀、腹泻，与磷脂成分刺激胃肠黏膜有关。建议随餐服用或减少剂量，必要时可选用胰酶肠溶胶囊、双歧杆菌三联活菌胶囊调节肠道功能。
大豆蛋白可能引发皮疹、瘙痒等过敏症状。需立即停用并口服氯雷他定片，严重时联合外用糠酸莫米松乳膏，过敏体质者应避免使用。
卵磷脂代谢产物胆碱可能影响血管张力，导致血压异常。高血压患者需监测血压，可配合硝苯地平控释片或缬沙坦胶囊进行调控。
大豆异黄酮可能干扰雌激素水平，引发乳腺胀痛或月经紊乱。出现症状时应停药观察，必要时使用桂枝茯苓胶囊调节内分泌。
服用期间避免同时摄入高脂食物，定期监测肝肾功能，孕妇及甲状腺疾病患者需医生评估后使用。
