肛瘘患者可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑、地奥司明等药物促进恢复，同时需配合手术治疗。
头孢克肟可控制细菌感染，甲硝唑针对厌氧菌感染，使用前需明确病原菌类型。伴随红肿热痛症状时提示存在活动性感染。
地奥司明可改善淋巴回流减少肿胀，草木犀流浸液片具有抗炎消肿作用。适用于瘘管周围组织水肿明显者。
对乙酰氨基酚可缓解轻度疼痛，塞来昔布适用于炎症性疼痛。若出现剧烈疼痛需警惕脓肿形成。
乳果糖可预防便秘，康复新液能促进创面愈合。合并肛周湿疹时可短期使用氢化可的松软膏。
肛瘘药物需配合高纤维饮食，保持排便通畅，避免久坐压迫。所有药物均应在医生指导下规范使用，根治仍需手术处理瘘管。
