黄花鱼通常不会掉色，其体表颜色主要由天然色素和结构色决定。新鲜黄花鱼的黄色来源于食物中的类胡萝卜素沉积，属于正常生理现象。
黄花鱼体表的金黄色泽主要依赖两种机制。一是通过摄食藻类、甲壳类等食物积累的虾青素等类胡萝卜素，这些色素沉积在皮肤和肌肉组织中形成稳定色泽。二是鱼体表层的鸟嘌呤晶体结构通过光线折射产生虹彩效应，这种物理显色方式不会因外界因素改变。正常养殖或野生的黄花鱼在新鲜状态下，体表颜色均匀有光泽，手指轻擦不会出现褪色现象。若发现黄花鱼体表颜色异常鲜艳或擦拭后褪色，可能与储存不当导致细菌分解色素，或个别商贩违规使用人工染色剂有关。购买时可观察鱼眼清澈度、鳃部鲜红程度及肌肉弹性等综合判断新鲜度。
日常挑选黄花鱼时，建议选择眼球饱满透明、鳃丝呈鲜红色、鱼体有自然光泽且无异味的产品。烹饪前可用清水冲洗表面，正常黄花鱼不会使水染色。若发现浸泡后水质明显变黄或鱼体颜色不均匀脱落，应避免食用。储存时需冷藏并在两天内烹调完毕，冷冻保存不宜超过三个月以保持最佳品质。
