多数情况下小型胰腺囊肿可能自行消失，但需根据囊肿类型和大小决定是否干预。胰腺囊肿的处理方式主要有观察随访、影像学监测、内镜引流、手术切除。
1、观察随访体积小于3厘米的无症状单纯性囊肿可能自行吸收，建议每6-12个月复查超声或CT，期间无须特殊治疗。
2、影像学监测黏液性囊腺瘤等潜在恶性风险的囊肿需定期增强CT或MRI检查，监测期间若囊肿增大或出现实性成分需进一步处理。
3、内镜引流假性囊肿合并感染或压迫症状时，可通过超声内镜引导下经胃壁穿刺引流，术后需预防性使用抗生素如头孢曲松。
4、手术切除主胰管型导管内乳头状黏液瘤等癌变风险高的囊肿，需行胰十二指肠切除术或远端胰切除术，术后需补充胰酶制剂。
日常应避免饮酒及高脂饮食，定期复查肿瘤标志物CA19-9，出现持续性腹痛或体重下降需及时就诊。
