苯丙酮尿症患者通过早期诊断和严格饮食管理可以接近正常生活水平，但无法完全恢复正常代谢功能。治疗效果主要与诊断时机、饮食控制依从性、血苯丙氨酸监测频率、个体代谢差异等因素有关。
1、诊断时机新生儿筛查确诊后立即干预效果最佳。出生后2周内开始低苯丙氨酸饮食可最大限度减少脑损伤，需终身使用特殊配方奶粉替代普通蛋白质。
2、饮食控制严格限制天然蛋白质摄入，每日苯丙氨酸耐受量需个体化计算。患者终身禁食高蛋白食物，需在营养师指导下使用医用食品补充营养缺口。
3、代谢监测定期检测血苯丙氨酸浓度是调整治疗的关键。儿童期每周检测，稳定后每月检测，建议使用便携式血斑检测技术便于家庭监测。
4、基因治疗新型酶替代疗法可部分改善代谢，如聚乙二醇化苯丙氨酸解氨酶。基因编辑技术尚在临床试验阶段，目前不能作为常规治疗手段。
患者需定期进行神经发育评估，配合遗传咨询指导生育规划，成年后仍需保持代谢门诊随访。适量补充酪氨酸有助于改善黑色素合成。
