冲牙器在饭后使用比较好，有助于清除牙缝中的食物残渣。使用冲牙器时需注意水流强度和使用频率，避免损伤牙龈。
饭后口腔内易残留食物残渣，尤其是牙缝和牙龈边缘等牙刷难以清洁的部位。冲牙器通过高压水流能有效冲走这些残渣，减少细菌滋生。使用时应选择温和档位，将喷头与牙齿呈90度角，沿牙龈线缓慢移动。初次使用者可能感觉轻微不适，属于正常现象，持续使用1-2周后不适感会逐渐消失。冲牙器对佩戴正畸托槽、种植牙或牙桥的人群特别有帮助，能清洁器械周围的隐蔽区域。
部分人群使用后可能出现牙龈出血，通常与牙龈炎症或使用方法不当有关。牙龈炎症患者需先治疗基础疾病再使用。冲牙器不能替代刷牙，需与巴氏刷牙法配合使用。夜间使用可减少口腔细菌夜间繁殖，但需注意使用后无须再进食。糖尿病患者、牙龈萎缩者使用前应咨询牙医，避免高压水流刺激脆弱组织。
选择冲牙器时建议考虑水箱容量、噪音水平和便携性等因素。家用型冲牙器水箱较大适合家庭共享，旅行款则更注重便携。冲牙器喷头应每3个月更换一次，多人使用需区分颜色避免交叉感染。冲牙后配合含氟漱口水能增强防龋效果，但不可完全依赖冲牙器解决所有口腔问题。定期牙科检查仍是维护口腔健康的基础措施。