激光去除黑痣通常会有轻微疼痛感，但多数人可以耐受。疼痛程度与黑痣大小、深度及个人敏感度有关，操作前会使用表面麻醉减轻不适。
激光去痣过程中，皮肤会感受到类似橡皮筋弹击的短暂刺痛或灼热感。表皮较浅的小痣疼痛感较弱，治疗时间仅需几秒至一分钟。较深的色素痣可能需要多次激光照射，每次间隔数周，疼痛感会随治疗次数增加而累积，但麻醉凝胶可有效缓解。部分人术后可能出现轻微红肿或灼烧感，属于正常反应，一般1-3天消退。
对疼痛极度敏感者、瘢痕体质或痣体直径超过5毫米时，痛感可能更明显。若黑痣位于神经密集区域如指尖、唇周，或伴随感染、溃疡等异常情况，疼痛风险会升高。儿童患者需由家长评估配合度，必要时选择全身麻醉。
术后保持创面干燥清洁，避免抓挠结痂部位，外出需加强物理防晒。若出现持续剧烈疼痛、渗液或发热，应及时复诊排除感染。饮食上减少辛辣刺激食物，多补充维生素C和优质蛋白促进修复。