阴茎癌的发病原因尚不明确,目前认为主要与包茎包皮过长、不洁的性生活、环境卫生和经济条件等因素有关。包茎包皮过长会在包皮内隐藏大量污垢,这些污垢会长期对包皮内板和阴茎头产生刺激,造成慢性炎症,形成致癌的隐患。不洁性生活或与多个性伴侣性交也易造成性感染疾病,如人乳头的病毒感染,该病毒感染后会诱发阴茎癌。此外卫生习惯和健康意识对阴茎癌的发生都有影响,若有包茎或包皮过长,却长期不清洗会导致包皮龟头炎,长期的慢性刺激也可能引起阴茎癌。另外有人认为阴茎癌的发病与未及时治疗处理阴茎的皮疹或阴茎的损伤,及吸烟等危险因素都有关系。