肛瘘手术后可能会出现以下的后遗症:一、肛门失禁。特别是高位的肛瘘,手术比较复杂,手术时如果操作不规范,有可能会损伤肛门直肠环,如果切除过多的肛门肌肉组织,可能引起肛门失禁。如果术后的伤口较大,瘢痕组织增生,可能会导致肛门收缩功能下降,引起肛门收缩无力,造成肛门失禁。二、术后会出现复发。特别是复杂性的肛瘘,有多个内口或多条瘘管,术中如果没有准确的找到内口,瘘管处理不彻底,有可能会导致术后复发。三、假性愈合。如果手术后,伤口没有注意护理,有可能深部的组织还没有愈合,而肛门外面的皮肤已经闭合,出现死腔,引起假性愈合。