多数肛瘘患者需要手术治疗，少数症状轻微者可尝试保守治疗。肛瘘的处理方式主要有药物治疗、切开引流术、挂线疗法、瘘管切除术。
1、药物治疗适用于早期单纯性肛瘘，可能与肛腺感染、免疫力低下等因素有关，通常表现为肛门肿痛、渗液等症状。可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑、马应龙麝香痔疮膏等控制感染。
2、切开引流术针对低位单纯性肛瘘，可能与肛周脓肿破溃、创伤等因素有关，常见肛门硬结、反复流脓。通过手术切开瘘管引流脓液清除病灶，创面开放愈合。
3、挂线疗法适用于高位复杂性肛瘘，可能与克罗恩病、结核感染等因素有关，症状包括肛门坠胀、发热。用橡皮筋缓慢切割瘘管，避免肛门失禁风险。
4、瘘管切除术针对反复发作的复杂性肛瘘，可能与糖尿病、恶性肿瘤等因素有关，表现为持续肛周疼痛、分泌物恶臭。完整切除瘘管及周围病变组织，降低复发概率。
术后需保持肛门清洁干燥，避免久坐久站，饮食宜清淡富含膳食纤维，定期复查直至创面完全愈合。
