急性间质性肾炎预后通常较好，多数患者经及时治疗后肾功能可完全恢复。预后差异主要与病因、治疗时机、基础疾病等因素相关。
由药物过敏或感染引起的急性间质性肾炎，早期停用致病药物或控制感染后，肾功能多在数周至数月内恢复正常。此时肾小管间质水肿和炎症细胞浸润可逆，病理改变较轻。患者需定期监测血肌酐、尿β2微球蛋白等指标，避免再次接触同类药物。部分病例可能遗留轻度肾小管功能异常，表现为夜尿增多或尿浓缩能力下降，但通常不影响整体肾功能。
若存在糖尿病肾病、高血压肾损害等基础疾病，或延误治疗导致肾间质纤维化，预后可能较差。此类患者肾功能恢复较慢，少数可进展为慢性肾脏病。病理检查显示广泛间质纤维化或肾小管萎缩时，提示不可逆损伤。合并急性肾衰竭需透析治疗者，肾功能完全恢复概率降低。长期随访中需控制血压、血糖，限制蛋白质摄入，延缓肾功能恶化。
急性间质性肾炎患者应严格遵医嘱用药，避免使用肾毒性药物如非甾体抗炎药、氨基糖苷类抗生素。恢复期保持每日尿量2000毫升以上，适量补充维生素B族及优质蛋白。每3-6个月复查尿常规、肾功能，发现异常及时就诊。合并高血压或水肿者需限制钠盐摄入，每日不超过5克。
