豆芽营养价值最高的部位是胚芽部分。豆芽主要由胚芽、子叶和豆皮组成，其中胚芽富含蛋白质、维生素C、B族维生素及矿物质，是营养最集中的区域。
胚芽是豆芽生长过程中最先萌发的部分，含有丰富的优质蛋白和多种必需氨基酸，有助于促进组织修复和免疫力提升。胚芽中的维生素C含量显著高于其他部位，具有抗氧化作用，能帮助清除体内自由基。胚芽还含有较高浓度的B族维生素，如维生素B1和B2，对能量代谢和神经系统功能有重要作用。矿物质如铁、锌、钙等也集中在胚芽中，其中铁元素有助于预防贫血，锌元素则参与免疫功能调节。
子叶是豆芽的主要可食用部分，含有一定量的膳食纤维和植物蛋白，但营养价值略低于胚芽。子叶中的膳食纤维能促进胃肠蠕动，帮助维持肠道健康。子叶还保留部分豆类原有的营养成分，如大豆异黄酮等植物活性物质，具有调节内分泌的潜在作用。子叶在发芽过程中部分淀粉会分解为易吸收的单糖，使其更易消化。
豆皮是豆芽外层保护结构，含有较多粗纤维和少量多酚类物质。豆皮中的膳食纤维含量较高，有助于增加饱腹感和促进排便。豆皮在发芽过程中会逐渐软化，但仍保留部分抗营养因子，如植酸，可能影响矿物质吸收。豆皮颜色较深的品种可能含有更多抗氧化物质，但整体营养价值仍不及胚芽。
豆芽根须部分含有一定量的微量元素和植物化学物质，但通常因口感较差而被去除。根须是豆芽与培养基质接触的部位，可能富集某些矿物质。根须中可能含有少量促进植物生长的激素类物质，但对人体营养价值有限。根须部位纤维素含量较高，消化吸收率较低。
完整食用豆芽能综合获取各部位优势，但胚芽仍是核心部分。烹饪时快速焯水可最大限度保留胚芽中的水溶性维生素。不同豆类发芽后的营养分布相似，但黄豆芽的胚芽蛋白质含量高于绿豆芽。选择新鲜、无腐烂的豆芽能确保胚芽活性成分完整。
建议选择胚芽饱满、色泽鲜亮的豆芽，避免长时间浸泡或高温烹煮导致营养流失。凉拌或快炒能较好保留胚芽中的维生素C，搭配富含维生素E的坚果或油脂可提高抗氧化物质吸收。日常可将豆芽与瘦肉、菌菇类同炒，实现蛋白质互补，但肾功能异常者需控制豆芽摄入量。豆芽易滋生细菌，需彻底清洗后食用，消化功能较弱者可适当延长加热时间。
