大蒜生吃确实能保留更多杀菌成分，但熟吃大蒜仍有一定抗菌效果。大蒜的杀菌作用主要来自大蒜素，其生成需要蒜氨酸酶参与，高温会破坏该酶活性，但烹饪后的大蒜仍含部分活性物质。
生大蒜被切碎或捣碎后，细胞结构破坏使蒜氨酸与蒜氨酸酶接触，生成具有强烈抗菌作用的大蒜素。这种含硫化合物对多种细菌、真菌和病毒均有抑制作用，尤其对胃肠道致病菌效果显著。完整吞咽蒜瓣或短时间加热处理对大蒜素影响较小，但长时间高温煎炒会使大部分蒜氨酸酶失活。研究显示，微波加热1分钟或蒸煮3分钟以上会显著降低抗菌活性。
熟大蒜虽大蒜素含量降低，但其他硫化物如二烯丙基二硫仍保留。这些物质经人体代谢后同样具有抗菌特性，且熟大蒜更易被胃肠吸收。发酵黑蒜通过低温长时间熟成，既能保留活性成分又减少辛辣刺激。对于胃黏膜敏感者，熟吃大蒜可避免生蒜对消化道的直接刺激，更适合长期食用。
日常饮食中可将生蒜泥拌入凉菜或作为蘸料，熟食中建议起锅前加入蒜末。特殊情况下如需发挥最大抗菌效果，可空腹咀嚼1-2瓣新鲜生蒜，但可能引起口气问题。无论生熟食用，建议每日大蒜摄入量控制在3-5克，过量可能刺激胃肠黏膜。消化道溃疡或服用抗凝药物者应咨询医师后调整食用方式。
