大蒜具有一定的抗病毒作用，其活性成分大蒜素对部分病毒有抑制作用，但不可替代药物治疗。
大蒜中的大蒜素、硫化物等成分在体外实验中显示出抑制流感病毒、单纯疱疹病毒等病原体的活性，其机制可能与干扰病毒复制、增强免疫细胞功能有关。流行病学研究表明，长期适量食用大蒜的人群呼吸道感染发生率略有降低。针对普通感冒病毒，大蒜补充剂可能缩短病程1-2天，但对新冠病毒等严重传染病尚无可靠证据。需注意大蒜对轮状病毒、诺如病毒等消化道病毒作用有限。
过量食用生大蒜可能刺激胃肠黏膜导致灼烧感，每日建议食用2-3瓣为宜。糖尿病患者需警惕大蒜与降糖药物的相互作用，手术前两周应停用高剂量大蒜补充剂以免影响凝血功能。大蒜素在高温下易分解，生吃或低温烹饪更能保留活性成分。特殊人群食用后出现皮疹、呼吸困难等过敏症状应立即就医。
病毒性感染患者仍需要规范抗病毒治疗，大蒜可作为饮食辅助。出现持续发热、咳血等严重症状时须及时就医，避免依赖食疗延误病情。日常储存大蒜应保持干燥通风，发芽大蒜的抗菌活性会显著下降。心血管疾病患者可咨询医生后，将适量大蒜纳入地中海饮食模式。
