做一次肠镜对身体的伤害通常较小，多数情况下不会造成明显损伤。
肠镜检查属于侵入性操作，但现代医疗技术已将其风险控制在较低水平。检查过程中可能出现轻微腹胀或短暂不适，这与肠镜充气扩张肠道有关，通常检查结束后数小时内可自行缓解。少数受检者可能因肠道准备不充分或操作手法问题出现黏膜轻微擦伤，但这类损伤多数可自愈。检查后偶有短暂肛门不适或轻微出血，与取样活检相关，一般无须特殊处理。检查使用的麻醉药物可能引起短暂头晕或恶心，但药物代谢完成后症状即消失。
检查后建议24小时内避免剧烈运动或驾驶，饮食以清淡易消化为主，可适量补充温水促进麻醉药物代谢。若出现持续腹痛、发热或便血需及时就医。
