木耳一般可以与大多数食物同食，但需避免与特定食物大量搭配。
木耳含有丰富的膳食纤维和铁元素，与富含维生素C的蔬菜水果如西红柿、猕猴桃等同食有助于铁的吸收。但不宜与田螺、牡蛎等富含五价砷的水产品大量同食，这类食物在特定条件下可能产生微量砷化物。与动物肝脏同食时，大量铁元素叠加可能加重胃肠负担。特殊人群如消化功能较弱者需控制木耳摄入量，避免与高纤维食物如竹笋、芹菜等同时大量食用，可能引发腹胀。新鲜木耳含光敏物质卟啉，建议充分晒干或煮熟后食用。
日常建议将木耳泡发后彻底清洗，搭配清淡食材凉拌或清炒，避免长时间高温烹煮破坏营养。
